Grundlage der kooperativen Zusammenarbeit zwischen Landwirtschaft und Wasserwirtschaft in NRW ist das „12-Punkte-Programm in Nordrhein-Westfalen“ (aktuelle Fassung vom 22. März 2021), das die Landesregierung mit den Landwirtschaftskammern Rheinland und Westfalen-Lippe, den Verbänden der Landwirtschaft und des Garten-, Obst- und Gemüsebaues sowie dem Bundesverband der Energie und Wasserwirtschaft (BDEW), dem Deutschen Verein des Gas- und Wasserfaches (DVGW) und dem Verband kommunaler Unternehmen (VKU) vereinbart hat (Kooperationsmodell). Die Kooperation in den Wasserschutzgebieten des WTV wurde 1989 als „Arbeitskreis Landwirtschaft, Wasser und Boden im Rhein-Sieg-Kreis (ALWB)“ gegründet. Da die organisatorische Struktur dieses Arbeitskreises nicht mehr den Anforderungen an die Verrechnungsmöglichkeiten der finanziellen Aufwendungen für rohwasserschützende Maßnahmen der Landbewirtschaftung mit dem Wasserentnahmeentgelt entsprach, wurde im Dezember 2022 eine neue Wasserschutzkooperation „Kooperation Landwirtschaft, Wasser und Boden (KLWB)“ gegründet und eine Vereinbarung dazu unterzeichnet. Dieser Kooperation gehören fünf Wasserversorgungsunternehmen (WTV, WV Euskirchen-Swisttal und Gemeinde Alfter vertreten durch die e-regio, WBV Thomasberg und Aggerverband), die Landwirtschaftskammer NRW, vertreten durch die Kreisstelle Rhein-Sieg-Kreis, und der Rheinische Landwirtschaftsverband, vertreten durch die Kreisbauernschaft Bonn/Rhein-Sieg, an.  

In der Kooperation mit der Landwirtschaft werden seit mehr als 30 Jahren zahlreiche Maßnahmen zum Schutz der Trinkwasserressourcen umgesetzt, die über die gesetzlichen Anforderungen hinausgehen. Dazu hat der WTV einen Förderkatalog erstellt. Grundlage dieser Maßnahmen ist die Beratung der landwirtschaftlichen Betriebe im Hinblick auf die Anforderungen des Gewässerschutzes. Dafür stehen aktuell zwei Berater und eine Verwaltungskraft, die dienstrechtlich der Landwirtschaftskammer NRW, Kreisstelle Rhein-Sieg-Kreis, zugeordnet sind, zur Verfügung. Die Finanzierung erfolgt durch die fünf Wasserversorgungsunternehmen. 

Als Ergänzung zu den von den Landwirten umgesetzten Maßnahmen, bietet der WTV den Landwirten an, gewässerschützende Bewirtschaftungsverfahren in den Wasserschutzgebieten als Dienstleistung durchzuführen. Er hat dafür zahlreiche Spezialgeräte angeschafft und vier Mitarbeiter sowie einen Auszubildenden eingestellt.